Mimar Sinan tarafından inşa edilen yapı tam olarak kaç yılında yapıldığı bilinmesede II Selim’in Nurbanu Sultan’dan olan oğullarının en büyüğü ve mimarının varisi olan III. Murat adına yapılması sebebiyle Sultan Muratın yaşamı içersinde yani . d. 4 Temmuz 1546 – ö. 16 Ocak 1595 yılları arasında bir tarihte yapıldığı düşünülmektedir.
Mimar sinanın hayatı boyunca yaptığı köşklerin net sayısı belli olmamaktadır. Günümüze ulaşmış tek Sivil Mimari örneği olarak Sultan Murata yaptığı bu köşk 1500lü yılların Osmanlı Mimarisinin bu alandaki tek örneğidir. Sultan Ahmet merkezinde bulunan Köşk Sultan Ahmet camiinin tam karşısında yer almaktadır.